基础医学实验室现有人体解剖学实验室、医学机能学实训室、医学细胞与遗传学实验室、生物化学与分子生物学实验室、显微数码互动实验室、病原生物与免疫学实验室等组成。拥有扫描电子显微镜，流式细胞仪、高压液相色谱仪、生物凝胶成像系统、蛋白纯化系统等先进仪器设备300多台（套），教学科研设施总值1800余万元。